1978 yılında Konya’nın Karapınar ilçesinde doğmuştur, ilk ve orta öğrenimini burada tamamlamıştır. Lisans eğitimini 1995-1999 yılları arasında Yüzüncü Yıl Üniversitesi Eğitim Fakültesi Biyoloji Öğretmenliği Bölümü’nde tamamladıktan sonra, aynı yıl Diyarbakır’da sınıf öğretmeni olarak göreve atanmıştır. Akademik kariyerine 1999 yılında Yüzüncü Yıl Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü’nde yüksek lisans eğitimiyle adım atmış, 2001 yılında ise mezun olduğu fakültede Uzman kadrosuna atanmıştır. 2003 yılında yüksek lisans, 2013 yılında ise aynı üniversitenin Biyoloji Programı’nda doktora derecelerini almıştır.
   Doktora sonrası 2013 yılında Yüzüncü Yıl Üniversitesi Eğitim Fakültesi Fen Bilgisi Öğretmenliği Bölümü’nde Yardımcı Doçent olarak öğretim üyeliğine başlamıştır. 2017 yılında Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Buharkent Meslek Yüksekokulu Tıbbi ve Aromatik Bitkiler Programı’na geçiş yapmış; 2018 yılında Biyoloji alanında Doçent unvanını alarak 2019 yılında aynı kurumda Doçent kadrosuna atanmıştır. 2021 yılında Necmettin Erbakan Üniversitesi Ereğli Ziraat Fakültesi Tarla Bitkileri Bölümü’nde görevine devam eden Metin ARMAĞAN, 2023 yılında aynı bölümde Profesör kadrosuna yükseltilmiştir. Kariyeri boyunca pek çok idari sorumluluk üstlenmiş olan Profesör ARMAĞAN, özellikle Türkiye Florası üzerine yoğunlaşan bilimsel araştırmalar yürütmüş, ulusal ve uluslararası çeşitli projelerde yürütücü ve araştırmacı olarak aktif rol almıştır.